Campo Grande, October 25, 2014
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EBB 2012 Program

 Preliminary Program

 

Monday

Tuesday

08:00 – 10:00

MC1 / MC2

MC1 / MC2

10:00 – 10:30

Coffee break

Coffee break

10:30 – 12:30

MC1 / MC2

MC1 / MC2

12:30 – 14:00

Lunch

Lunch

14:00 – 16:00

MC3 / MC4

MC3 / MC4

16:00 – 16:30

Coffee break

Coffee break

16:30 – 18:30

MC3 / MC4

MC3 / MC4

 

All lectures in Potuguese

# MC1 - Ferramentas de bioinformática para sequenciamento de alto desempenho
Tainá Raiol (Biomol-Unb, Brasil) e Laura Obenauer (University of Heidelberg)

O avanço das novas tecnologias de sequenciamento de alto desempenho tem possibilitado a geração e análise de uma quantidade cada vez maior de fragmentos de nucleotídeos em paralelo, com um decrescente valor de custo por reação. Devido ao grande volume de dados gerados por estas tecnologias, os projetos de genômica e transcritômica têm se tornado um grande desafio para as análises de bioinformática. Dessa forma, novos algoritmos foram desenvolvidos para tratar, analisar e classificar as sequências geradas pelas novas plataformas de sequenciamento. Além disso, bancos de dados foram especialmente criados para armazenar as sequências produzidas nesses projetos.

Assim como as análises de transcritoma, estudos de genômica também se beneficiaram imensamente com o advento das estratégias de sequenciamento de DNA de alto desempenho. Sem a necessidade do emprego de técnicas de clonagem, as modernas plataformas comerciais de sequenciamento podem sequenciar diretamente DNA genômico em larga escala. O Genome Sequencer FLX 454 (Roche) é a plataforma mais utilizada em estudos de genoma devido ao maior tamanho dos fragmentos de DNA gerados por esse sequenciador em comparação com as demais tecnologias, facilitando assim as etapas de montagem e anotação do genoma em estudo.

Neste mini-curso, o foco é a análise de sequências obtidas pelo sequenciador 454/Roche por meio de um pipeline computacional, empregando diversas ferramentas de bioinformática. Faremos também, brevemente, análises biológicas a partir das informações obtidas pelo pipeline.

 
# MC2 - Genômica Comparativa
Maria Emília Walter Telles (CIC-UnB, Brasil) e Marcelo M. Brígido (Inst. de Biologia - UnB, Brasil) 

O enorme volume de dados biológicos gerados por projetos genoma em todo o mundo, particularmente pelos atuais sequenciadores de alto desempenho, depende de predições e inferências biológicas usando métodos computacionais avançados que exploram massivamente esses dados. Neste mini-curso, vamos explorar inicialmente conceitos básicos de paralogia e ortologia, organização de genomas e seu impacto em genômica comparativa, identificação e classificação de RNAs não-codificadores, e finalmente aspectos evolutivos como filogenia molecular e alinhamentos múltiplos.

 
# MC3 - Bases de Dados Biológicos
Guilherme Pimentel Telles (IC-Unicamp, Brasil)

Neste mini-curso vamos explorar alguns bancos de dados moleculares que estão disponíveis publicamente.  Ao explorá-los vamos considerar o tipo de dados que contém e as ferramentas que estão disponíveis para consultas.  Há vários bancos de dados moleculares disponíveis e vamos nos concentrar nos mais famosos, como Entrez, Genbank, UniProt, KEGG, PDB e alguns outros que o tempo permitir.

 

# MC4 - Ferramentas para Projetos de Primers
Luciana Montera (Facom-UFMS, Brasil) e Maria Beatriz Walter Costa (I
nst. de Biologia - UnB, Brasil) 

Uma técnica amplamente utilizada em Biologia Molecular é a reação de polimerase em cadeia, ou simplesmente PCR. Reações baseadas em PCR necessitam, entre outras coisas, de primersPrimers são pequenos fragmentos de DNA complementares a determinada(s) região(ões) da molécula de DNA que se deseja amplificar. O projeto de primers envolve questões como tamanho, especificidade, composição e temperatura. Diversas ferramentas de projeto de primers podem ser encontradas, cada uma com suas particularidades e objetivos específicos. O objetivo deste curso é o levantamento e o estudo das questões relevantes quanto à tarefa de projeto de primers bem como das ferramentas disponíveis para tal fim.  

 

 

 

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